Nel 1617, Mario Farnese, figlio di Giulia, ottenne dai frati il permesso di destinare il convento alle sue figlie, suor Francesca e suor Isabella, monache dell’Ordine di Santa Chiara. Da allora, la chiesa è divenuta sede del Monastero delle Clarisse, mantenendo viva la tradizione monastica fino ai giorni nostri.
Il complesso, organizzato intorno un bel chiostro, è un simbolo importante della committenza farnesiana. Nella chiesa, infatti, si possono ammirare affreschi relativi alle Storie della Vergine databili intorno la metà del sec. XVI: nel Matrimonio della Vergine Maria e Giuseppe sono raffigurati con le sembianze di Galeazzo Farnese e di Isabella degli Anguillara che contrassero matrimonio tra 1514 e 1518, mentre il sacerdote ricorda le fattezze di papa Paolo III, ovvero il potente Alessandro Farnese.
Sull’altare maggiore spicca la grandiosa pala d’altare raffigurante la Trinità con la Madonna i santi Francesco Chiara e angeli, ricondotta al pittore romano Agostino Masucci o Massucci e databile al sec. XVIII.
Di epoca e committenza farnesiana è l’Immacolata Concezione, attribuita a Antonio Maria Panico e risalente al primo decennio del XVII secolo e non si esclude che i personaggi della famiglia Farnese in primo piano siano stati realizzati dalla pittrice bolognese Lavinia Fontana, attiva a Roma tra 1604 e 1613.